アップロード先が異なっているなどはないでしょうか。
アップロードすべき場所は
接続後のpublic_htmlのなかです。

また
http://chobi.net/support/web.html#web2
などもご確認ください。

どうしてもうまくいかない場合URLを
この掲示板もしくは、ユーザ専用ページより質問として
教えてください。

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